Formar profesionales en el área de las ciencias de la salud, con elevados estándares de calidad, en consonancia con las demandas sociales; producir conocimientos científicos, útiles a la sociedad; conservar la cultura nacional y universal; promover el desarrollo económico y social en su área de influencia y contribuir en la mejora de la calidad de vida de los habitantes del Departamento de Canindeyú, de su zona de influencia y del país.