El inicio de la Universidad Nacional del Canindeyú data del 16 de abril de 2010, con la sanción de la Ley Nº 3985 “Que crea la Universidad Nacional de Canindeyú”, firmada por el entonces presidente Fernando Lugo Méndez. Posteriormente se crearon las distintas unidades académicas.

La Facultad de Ciencias de la Salud fue creada por resolución Nº 80/2012 del Honorable Consejo Superior Universitario, de fecha 12 de noviembre de 2012, con miras a la creación de diversas carreras de grado y postgrado del área de salud.

La carrera de grado inicial fue la de Licenciatura en Enfermería, con habilitación del CONES según Resolución 137/2016, dirigida a egresados de la educación media de instituciones de la zona y toda el área de influencia de la región.